中國跨境電商主要的監管機關原是中國海關及國檢(國家質量監督檢驗檢疫總局)，在2018年3月時，中國海關與國家質量監督檢驗檢疫總局的職責進行整合，將出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關總署。口岸公共衛生、國門生物安全、進出口食品安全和進出口商品安全等出入境檢驗檢疫主要職能，成為海關在傳統安全風險防控增加延伸的範圍。
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關檢合一
由於國檢的出入境檢驗檢疫管理職責及隊伍全面劃入海關總署，將海關與國檢的申報系統及數據合併整合，並在2018年8月1日正式實施「單一窗口」全面支持。過去同一批貨物進出口，要在檢疫及海關兩部門申報，採用海關、檢疫不同的兩套系統，合併後在同一個機構，甚至同一個窗口、同一班人員就能完成，通關作業上達到「一次申報」、「一次查驗」、「一次放行」的標準，對於眾多的進出口企業而言，企業通關費用將會減少，通關的效率也大幅的提升，進一步提高貿易的便利化程度。
海關對跨境包裹會特別注意事項
1、商品備案欄位填寫及價格：要在跨境電商平台銷售的商品，首先就必須跟海關進行商品備案，特別要注意的是商品價格，海關對於價格的認定，主要是依照以往相同商品的案例或是依據市場同樣商品的比較與現況來審定價格，稱為「審價」，若與市場行情比較，有「高價低報」或是「低價高報」的情形，海關就可能會退回申請。
2、收件人及收件地址注意事項：跨境電商屬於個人自用，因此會注意收件人的監管，例如同一個收件人，同樣的地址，卻在同個時間有多件包裹，或是收件人有多件包裹，雖然用不同的地址收件，但卻是附近同一個區域，海關都會以電話查詢原因，很可能被認定是化整為零的「刷單」。
3、申報資料與實際貨物不符：海關查驗時，可能會將包裹打開查看內容物，若是商品數量、商品名稱、商品容量等與申報清單不一致，可能被認定申報不實，被要求改單重新申報，嚴重者可能被退運。
4、訂單包裹價格：包裹的商品價格被海關認定應是以訂單的成交價格為主，不是依據商品備案的價格，若兩者價格一致，海關若認為成交價格低於市場行情，也可能被要求說明，甚至審核不通過要求重新申報。
5、大量訂單包裹只有1-2種商品種類：跨境電商平台銷售的商品應有不同的種類，從上百到數千甚至數萬種品項，若一天的出貨訂單，全部是同一種品項，這樣的狀況非常異常，會被海關認定不是真實的跨境電商訂單而要求退運。
海關對進口商品會特別注意事項
1、跨境電商正面清單的產品才可進口：跨境電商的商品不是全部都可以進口到中國大陸，是有一份「跨境電子商務零售進口商品清單」，稱為正面清單，所申報的商品若在正面清單裡面才允許進口。
2、保稅倉符合規範可以進口生鮮產品及肉類製品：不是每個跨境電商保稅區都可以進口生鮮產品和肉類製品，必須具有冷鏈的倉儲設備、相關專業人員、檢驗檢疫的監管、冷凍運輸等等相關特殊資格的保稅倉才可以進口符合規範的生鮮產品及肉類製品。
3、商品保質期已過期要進行銷毀：已經過期的商品如食品、保養品等，不能進口到跨境口岸保稅倉庫，海關在查驗時發現外包裝的保質期已過期，會勒令退運或是直接銷毀。
4、列為疫區的商品禁止進口：臺灣過去在世界衛生組織裡歸類為口蹄疫疫區的國家，豬肉製品如肉乾、肉鬆不允許進口至中國大陸或其他國家；日本福島的核汙染事件，部分地區被列為輻射區，相關產地的商品也被中國列為禁止進口，這也是檢驗、檢疫的職能。
5、生鮮產品及肉類製品不可直購進口：跨境直購進口如同出國旅遊所帶回的隨身行李，所攜帶的行李或隨身物品若依規定可攜帶的，就可用跨境直購進口，但水果、生鮮、肉類是不可隨身攜帶入境，因此就不能申報入境，甚至有些食品成分中含有肉製品的都不允許直購進口。
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