跨境電商的交易訊息全程都是透過數據傳輸方式進行，海關會對數據進行3次的校驗，也就是我們常說的「三單對碰」。
海關總署早在2014年提出增列海關監管方式代碼9610、1210的56、57號公告中就規定：「開展跨境電商進口業務的企業應當按照規定向海關傳輸交易、支付、倉儲和物流等數據，由海關校驗每一筆交易訂單信息和消費者信息的真實性，促進跨境電商合規化發展」。2018年194號公告中進一步強調：「開展跨境電子商務零售進口業務的跨境電子商務平台企業、跨境電子商務企業境內代理人應對交易真實性和消費者(訂購人)身分信息真實性進行審核，並承擔相應責任；身分信息未經國家主管部門或其授權的機構認證的，訂購人與支付人應當為同一人」。
三單一證的通關流程說明
每一筆訂單是否可以放行，都取決在海關系統對三單一證通關的核驗結果，直到物流業者妥投信息回傳，通關流程才算真正完成。
1、三單傳輸：消費者下單後，就會產生三單，三單是海關公告中的交易信息、支付信息、物流信息，也就是訂單、支付單及物流單。三單是由不同類型主體的企業分別透過跨境電商公共服務平台的通關服務系統及管理系統，推送訂單信息給海關進行三單校驗比對。
•訂單：由電商平台推送電子訂單資訊。
•支付單：由支付業者推送支付單資訊。
•物流單：由倉儲物流服務商推送物流單的資訊。
2、清單申報：當海關收到三單後，需要由已在跨境電商公共平台註册的報關行業者將訂單的清單推送給海關，海關將三單中的訂購人、商品、收件人等相關資訊進行校驗比對，作為清單的申報。
3、封關車輛入區：封關車到達跨境電商特殊監管中心後，由海關查看封條無誤後完成解封，才允許開始貨物通關。而所謂的封關車亦為「海關監管車」，用於運輸海關的監管貨物，從一個海關監管區到另一個監管區。例如貨物從國外運到口岸，在入境時並沒有清關，就需要由海關的監管車運輸到貨物目的地進行清關，這種特殊的封關車輛也需在跨境電商公共服務平台註册登記，才能進入監管區域。
4、法規比對：當監管車進入監管區域之後，會由監管人員以掃碼槍，掃碼包裹上面物流面單，經過系統進行比對，來判斷購買人是否符合「單筆訂單金額在人民幣5,000元以下，個人消費年度總金額在26,000元以下」的法規規定額，也就是說，中國大陸消費者在跨境進口電商購買是有限額的，若超過限額購買，稅收方式就會按一般貿易計算。
5、身分證信息比對：跨境電商身分證的資訊比對是極為嚴格的，整體數據和銀行、公安系統要求規格等同，消費者必須輸入正確的姓名、身分證號，並可與政府資料庫相互比對、核可確認，若是輸入的個人資料有錯誤時，訂單是不會成立的。
6、清單審核：海關系統會對訂單的清單進行自動審核或海關人員人工審核，系統按照設定的規則校驗訂單，並按照大約5%-10%的比例進行人工的開包抽驗，確認申報量是否屬實，只有查驗放行的訂單才可進行後續的分揀作業，否則將會進行布控 (即扣押)，並要求報關行或業者提出說明，釐清是錯報、謊報甚至可能走私的疑慮。
7、商品分揀：貨物進入跨境電商特殊監管中心的分揀區，海關通過集中分揀、同屏比對系統對商品實施Ｘ光機檢驗，若已布控的商品和需查驗的商品則進入查驗區等待查驗。唯有保稅商品經過清單審核放行後需要進行分揀作業，跨境直購的商品在境外就已完成分揀包裝，此步驟主要是保稅商品的通關環節。
８、海關查驗：三單一證及清單審核比對及申報，都在系統的流程中完成校驗，此時貨物包裝完成後會進入海關監管區以X光機查驗，查驗無誤後便可進行放行，若查驗沒有通過就會繼續布控，並作後續處理。
9、稅款扣除：跨境電商的綜合稅在法規上是由購買人支付稅款，但在實際的銷售流程中，商家會將綜合稅的成本計算在商品的售價中，也就是售價已經包含了稅務成本，當消費者完成訂單支付時，其實已經付了這筆稅款，因此當訂單完成通關程序並放行時，海關便會從電商平台暫時扣除這筆稅款，直到消費者真正收到商品。要注意的是海關是從電商平台扣除稅款，因此商家在商品訂價時，務必要了解如何計算綜合稅，售價也必須將稅款成本包含在內。
10、實貨放行：當稅款繳納完畢（暫時扣除）後，貨物才能真正的放行，物流車進入分揀/查驗區裝貨出區，並從集貨中心開始進行全中國內陸配送。
11、發送妥投資訊：海關對跨境電商的監管原則是個人自用原則，物流業者依據訂單資訊派送並經過消費者簽收後，還必須將妥投(妥善投遞)的資訊回傳至海關系統，海關藉此確認貨物真實地送到所申報的收貨人手上。直到妥投完成，整個進口跨境電商通關查驗才算完成。
12、稅款入庫：直到貨物派送完成，海關收到妥投訊息之後，暫扣的稅款才會真正扣除並轉入國庫。
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